С началом Великой Отечественной войны перед Сибирским ботаническим садом была поставлена задача ‑ обеспечить местную фармацевтическую промышленность и лечебные учреждения местным сырьем. Сад возглавляла А.Д. Бейкина ‑ прекрасный организатор, инициативный и энергичный руководитель, которая сумела мобилизовать весь коллектив ботанического сада на выполнение научных и производственных задач и добилась значительных успехов.
Приказ директора Сибирского ботанического сада А.Д. Бейкиной от 13 сентября 1941 г.: «В целях наиболее полного использования научных сил и производственных возможностей Ботанического сада для непосредственной помощи фронту и военным организациям тыла перестроить исследовательскую и производственную работу».
Из воспоминаний А.Д. Бейкиной: «Как только грянула война, ушли на фронт все мужчины. Осталось только три старика, каждому из которых было по 70 лет. В первые же дни войны сад остался без транспорта: на фронт было мобилизовано почти все поголовье лошадей. Женщины-солдатки пахали, бороновали, культивировали, а также самоотверженно днем и ночью охраняли растительные богатства от расхищения».
В годы Великой Отечественной войны коллектив ботанического сада сохранил все насаждения, коллекционные питомники и оранжерейные растения. И ни одно растение не замерзло и не погибло. В суровые зимы растения в оранжереях закапывали в землю.
В связи с недостатком лошадей пахали и перевозили тяжести на быках. Заготовку и подвозку топлива для оранжереи и теплиц (дрова, уголь) обеспечивал сам коллектив сада. Осенью охраняли плоды и овощи те же рабочие, поочередно оставаясь после работы на всю ночь.
Все тяжелые работы выполняли только женщины и дети Петя Гетте, Дина Судакова и др. под руководством единственного мужчины, заведующего экспериментальным хозяйством Н.А. Черева, не принятого на фронт по состоянию здоровья.
В годы Великой Отечественной войны коллектив научных сотрудников и рабочих Сада провел большую работу по оказанию помощи тылу и фронту:
‑ выращено и передано аптекоуправлению и фармзаводу 100 кг наперстянки, 45 кг ландыша майского, 13 кг аптечной ромашки, 28 кг белены;
‑ Томский горпищекомбинат по инструкции, разработанной сотрудником Ботанического сада А.Г. Гончаровым, изготовил и передал в госпитали более 2000 л ягодных вин, 1000 кг кофе, 500 кг чая;
‑ в Саду велась работа по изысканию способов сушки овощей и зелени. Несложную технологию сушения картофеля, свеклы, капусты, укропа, петрушки разработал А.Г. Гончаров. Им предложены рецепты приготовления сухого картофельного супа, украинского борща, ленивых щей;
‑ в Саду выращивали для заводов сотни тысяч рассады овощных растений, снабжали их семенами овощных культур, учили размножать картофель срезками верхушек;
‑ научные сотрудники А.Д. Бейкина, А.Г. Гончаров, З.А. Борзова, И.К. Замараева, С.Н. Рыбакова провели большую работу по оказанию помощи подсобным хозяйствам заводов и индивидуальным огородникам (особенно эвакуированным).
Несмотря на очень тяжелое время и трудности военного времени научные сотрудники наряду с физической работой выполняли и научные исследования. В результате селекционных работ И.К. Замараевой получена капуста Батуринская, томат 172 путем скрещивания сортов Глоб. Красавицы Лотарингии и Лучший. Директор Сибирского ботанического сада А.Д. Бейкина защитила в 1943 г. кандидатскую диссертацию.
В тяжелые годы Великой Отечественной войны Советское правительство заботилось о сохранении ботанического сада и приняло ряд мер по его укреплению. С 1 января 1944 г. распоряжением Совнаркома РСФСР Ботанический сад реорганизован в самостоятельное научноисследовательское учреждение с титулом «Сибирский ботанический сад при Томском государственном университете им. В. В. Куйбышева». Наркоматом просвещения РСФСР в июне 1945 г. было разрешено ежегодное издание «Бюллетеня Сибирского ботанического сада».
За успешную учебно-просветительную и научную работу в день шестидесятилетнего юбилея (1945) Ботанический сад ТГУ был награжден почетной грамотой Томского Областного совета депутатов трудящихся.
